Salah satu karakteristik yang membedakan MTs Negeri 1 Tegal dengan madrasah lainnya adalah ketersediaannya fasilitas boarding school atau asrama untuk peserta didik. Asrama ini digunakan sebagai tempat mukim bagi peserta didik kelas sains putri sekaligus untuk beraktivitas menimba ilmu agama (mengaji).
Selain itu, lingkungan pondok pesantren juga memberikan nuansa tersendiri hingga memberi corak dan kesan kental sebagai daerah santri. Kondisi tersebut memberi pengaruh positif terhadap kultur kepada lebih dari 30% peserta didik MTsN 1 Tegal untuk mengikuti pendidikan di pondok pesantren.
Sebagai lembaga resmi, MTsN 1 Tegal juga menandatangani MoU dalam bentuk kerjasama dengan Pondok Pesantren Ma’hadut Tholabah terkait manajemen Kelas Tahfidz.
Dukungan lainnya, pihak madrasah juga bekerjasama dengan Yayasan Karantina Tahfidz Al-Qur’an Nasional untuk menjaga standar dan kualitas kelulusan serta hapalan Juz Al-Quran Peserta Didik. Dengan demikian, kelulusan dari peserta didik dilakukan melalui prosedur uji internal dan eksternal.